《末日时在做什么？有没有空？可以来拯救吗？》，就如标题，这是一部末日系动画，时间设定在人类毁灭之后，舞台则是一个上有神明，下有人、龙、兽等不同种族的世界。
人类灭亡，500年人类制造出的“17兽”失控反，其它种族逃离大地，生活在浮空岛。在世界毁灭前，人类的建立的勇者体系令人类站在巅峰，他们灭除那些会对人类造成危害的种族。
这样强大的人类几乎却在地面上出现正体不明“兽”之后仅仅几天就灭亡。
其他的种族也未能幸免，原先的世界自此毁灭。残存的种族在“大贤者”的帮助下逃到了由众多悬浮岛屿组成的空中大陆上，500年后，冒着生命危险降落到地面上发掘资源的探险队意外发现了因为石化而死里逃生的男主。
如今的世界是兽人为主，没有獠牙和长角的种族则被称为无征种，遭到歧视。男主的新工作是管理特殊兵器——一群黄金妖精！
随着男主了解进一步加深，才知道浮空大陆上仍面临着危机，“第六兽”会随风飘到岛屿上，能抗衡的“兽”的只有人类所制造的“圣剑”，但“圣剑”只有人类能使用。
在这个人类早已灭绝的世界，找到和人类相似的种族，用生命作为使用圣剑的代价去抗衡“兽”。
除了失去昔日力量的男主，只有被称为“兵器”的那些少女可以使用。所以，真身为“妖精”的少女们，背负着拯救他人的宿命，一次又一次地踏上战场，直至最后燃尽生命。
男主只能在“妖精仓库”中默默祈求着她们的平安归来。
世界濒临灭亡、无力的男主、背负宿命战斗的女主角。故事不是聚焦在“战斗”上，而把主要篇幅都交给了日常故事。
没有惊天动地的战斗描写，只有“妖精仓库”中温暖的点滴日常，描写少女们面对终将死亡的命运。
