公司创建于1984年，原厂址位于长兴县泗安镇小官山，厂名为“长兴县药用微生物厂”。主要承担浙江省科委下达的国家级“星火项目”——“冬虫夏草深层发酵技术产品及其胶囊制剂生产”，以生物发酵技术为主，其产品为虫草头孢菌粉，该产品的产业化生产替代了天然“虫草”资源的不足，该技术填补了国内空白。
1990年为使企业向专业的制药企业发展，经浙江省医药管理局、浙江省卫生厅审核通过更名为“长兴制药厂”。
1998年进行股份制改造，更名为“长兴制药有限公司”，注册资本425万元，由泗安镇工业公司占40%股份；湖州父子岭耐火集团公司占60%股份。
1999年12月公司又进行增资扩股，注册资本为1380万元，由湖州父子岭耐火集团公司占29.71%股份、泗安镇工业公司占29.71%股份、谈伟平占40.58%股份，三方组建了公司新的股东。
2002年8月为进一步明晰产权，引进竞争机制，股东变更为谈伟平占90%股份、沈军华占10%股份，股东共两人，注册资本不变。谈伟平任执行董事；沈军华任监事。
2015年10月长兴制药被浙江华海药业股份有限公司兼并，成为浙江华海药业控股子公司，注册资本3000万元，华海药业占股份总数的65%，谈伟平占股份总数的35%。企业更名为“长兴制药股份有限公司”。
2015年12月公司在新三板成功挂牌，成为新三板挂牌企业，进一步拓宽了企业的融资渠道，为企业的后续发展奠定了基础。
2018年公司认定为国家高新技术企业，2021年入选浙江省专精特新中小企业。
