朱家君被警方带走时涉嫌的罪名是职务侵占罪，后改为非国家工作人员受贿罪。根据一审判决书显示，公诉机关指控朱家君利用职务之便收受往来单位钱款6万元，不过法院只认定了其中的1万元。这1万元是安徽省文化书店的老板潘某贿送。潘某是《知音漫客》杂志在安徽的总代理方。据其证言显示，2011年底，潘某听说朱家君离婚后有些困难，就打电话给朱家君，说要帮他一下，提出给朱家君1万元人民币，朱家君没有拒绝，案发前也没有归还。
而公诉机关指控的另外5万元来自于深圳鹰达集团董事长刘某。据证言显示，朱家君离婚后要买房子，找鹰达印刷包装有限公司总经理林某借钱，林某找到了刘某。由于这一过程中朱家君表达了还款的意愿，因此法院最后没有认定为受贿款。
朱家君于2014年6月5日被警方抓获。在案件审理过程中，朱家君和辩护律师一直坚持无罪辩护。由于其在侦查期间已经被羁押，折抵了部分刑期，因此在判决后的几天，朱家君就恢复了自由。但出狱后的他拒绝了南都记者的采访。
出狱后另起炉灶加盟《好漫画》
不过，2014年5月29日，刚刚被解职的朱家君曾在微博中写道，读到了唐代诗人刘禹锡的《浪淘沙》，“莫道谗言如浪深，莫言逐客似沙沉。千淘万漉虽辛苦，吹尽狂沙始到金。”出狱之后，他又在除夕夜写下“除夕到，除了爱与梦想，一切归零。衷心感谢所有朋友、同行、亲人在我这特殊时段的关爱与问候”的微博。
朱家君被抓之后，其原团队部分团队主创成员另组班底，创办了另一份以本土原创漫画为主的杂志——— 《好漫画》。《好漫画》于2015年2月发行试刊号，由湖北长江报刊集团和天津漫娱文化联合出品。据漫娱文化的一位员工介绍，曾经的《知音漫客》教父朱家君也是该公司领导层，除了《好漫画》杂志外，朱家君还分管公司其他领域。
在知音时与部分管理层不睦
朱家君被抓两个多月后，知音传媒集团董事长胡勋璧被免职，原因是涉及裸官问题。这个消息来得非常突然。2014年上半年，已经到年龄的胡勋璧曾经上交申请，要求继续工作5年，已经获得上级批准。
但8月27日，湖北省妇联向知音的中层干部通报了胡勋璧被免去党委书记和董事长职务的消息，8月27日下午，胡勋璧被免职的文件在集团内部正式发出。
在2000年后知音传媒集团的发展中，最耀眼的是《知音漫客》。朱家君是2006年受胡勋璧的邀请，从广州离职加盟知音传媒。即便在网络和新媒体的冲击下，《知音漫客》仍异军突起。根据招股说明书，2013年，围绕《知音漫客》的出版物销售收入，已超越《知音》杂志，占到知音传媒总营收的六成多。
用胡勋璧自己的话来讲，朱家君是再造了一个知音。
不过，至少有三位受访人士透露，朱家君与部分知音传媒管理层的关系不睦。一位原《知音漫客》的管理层告诉南都记者：朱家君讲义气，大大咧咧，但对产品的态度很认真，变态地追求完美，和乔布斯很像，圈中有一绰号“李疯子”。“因为纸张、印刷等问题，朱家君曾与胡勋璧‘拍过几次桌子’。还曾经在一次醉酒之后骂过胡勋璧在知音任职的哥哥胡勋杰。”
